Milan Knížák se narodil 19. dubna 1940 v Plzni. Jeho otec Karel Knížák byl v té době řídícím učitelem na měšťanské škole v Blovicích, kde také vyučoval kreslení.
V roce 1945 odešla rodina na výzvu vlády do pohraničí - do Mariánských Lázní. V roce 1957 maturoval na gymnáziu v Plané u Mariánských Lázní. Byl přijat na VŠ pedagogickou, později i na Akademii výtvarných umění. Ani jednu vysokou školu ale nedokončil.
Do Svazu československých výtvarných umělců byl přijat roku 1965. V letech 1968–1970 pobýval na studijním pobytu ve Spojených státech amerických, kde také soukromě studoval filosofii a architekturu. V té době patřil mezi přední světové tvůrce akčního umění. Československý režim jeho práci nepřál. Od roku 1966 byl evidován jako nepřítel státu. Byl několikrát souzen a vězněn. Nemohl vystavovat, ani publikovat.
Mezi lety 1979–1991 byl několikrát na studijních nadačních pobytech ve Spolkové republice Německo. V roce 1990 byl jmenován profesorem a v letech 1990 – 1997 působil jako rektor Akademie výtvarných umění v Praze. Poté vedl ateliér intermediální tvorby. V roce 1999 byl jmenován generálním ředitelem Národní galerie v Praze. Mezi roky 2001–2003 byl také členem Rady České televize.
Milan Knížák uskutečnil cca 100 samostatných výstav v České republice, na Slovensku, v Polsku, Rusku, Německu, Maďarsku, Rakousku, Itálii, Holandsku, Belgii, Francii, Sýrii, Austrálii, USA a stovky společných výstav po celém světě.
Jeho díla jsou zastoupena v mnoha státních i soukromých sbírkách v České republice i v zahraničí. Za svoji práci získal řadu prestižních ocenění.
